De stichting studievereniging Trifonius bestaat uit een overkoepelend bestuur met daaronder diverse commissies. Tussen het bestuur en de commissies heeft het senaat een adviserende functie voor het huidige bestuur. Het bestuur en de commissies lenen hun namen uit de mechanica en constructieleer. Hierdoor zijn het voor bouwkundigen en civiele techneuten herkenbare begrippen, zowel tijdens als na de studie.
Het bestuur zorgt voor de financiering van activiteiten en dat de organisatie hiervan goed verloopt. De commissies hebben een eigen voorzitter, secretaris en penningmeester, zo houden zij zelf in de gaten of de financiën kloppen van hun eigen commissie. Dit wordt daarna ook nog gecontroleerd door de penningmeester van het bestuur. Elke commissie heeft een taak aangewezen gekregen voor het studiejaar, van het organiseren van activiteiten tot het bijhouden van de website.
